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，所部也被击溃。
郑成功在幕府山见战事失利，急驾小船，去调水师增援。恰值江水退落，水兵所乘战船无法靠岸。郑成功在江中眼看两军相战，战局直转而下，却无能为力。自郑成功离开，郑军失去大本营指挥，不知如何行动，只好营自为战，原地固守。清军加紧攻击，各个击破。
郑成功在船山见败局已定，只好率船队撤往镇江，然后出长江返回厦门。张煌言正在攻打同铜陵，忽闻郑成功败讯，欲顺流与郑成功合兵，不料清军水师在南京封锁了归路，只好从陆路经浙东转回舟山。把舟师全部丢弃，从此不能再进攻满清水军。满清水师也壮大起来，从此南明力量开始由盛转衰。
南京之战是郑成功兴师北伐中的关键一战，此战使郑成功陆军损失近半，陆战能力大为削弱，从此，郑成功无力在大陆上与清军争锋，其抗清斗争被迫退回东南沿海地区和海上。郑军的主要得失：郑成功率部坚持抗清斗争10余年，成为南明军中的一支主力。该军战斗精神英勇顽强，长于水战，机动性强，能胜则打，战败则走，常令清军无可奈何。后经养精蓄锐，军力大增，达到鼎盛时期。
南京之战以强击弱，未能一举破敌，其教训是深刻的：一是由于郑成功在合围南京、敌弱我强的极为有利的形势下，产生了骄傲情绪，轻信清军的卑辞，误以为清军不堪一击，致使众将松懈准备。
二是指挥不当。在大敌当前下，指挥军营移动过缓，给了清军可乘之机。在清军实力大为增强未能及时调动兵力，终因实力分散，而被清军各个击破，郑成功在交战的关键离开统帅岗位，使各路人马失去指挥。
三是用兵死板。批坚执锐的”铁人军“对付步兵，其优势无从发挥。
清军主要得失：清军将领郎延佐审时度势，成功了实施了缓兵之计。交战时，派骁勇将领主力精锐主动出击，抓住战机沉重打击了郑成功的气势。最后以弱胜强，奠定了满清在江南的统治基础。
屡败屡战八十二章无私支援
南京之役，二十万反清复明健儿生命烟消云散，郑成功部队损失八万多，张煌言部队损失十万多，太湖各地义军损失两万，朱慈悲心中泣血。
这都是热血儿郎，都是炎黄同胞，难道为了一家一姓的皇朝，真的值得牺牲如此多的生命吗他们牺牲是否值得
这次榆园军应当是壮大而不是削弱了，沂蒙山区和大别山区已经连成一片，有榆园军的令牌，畅通无阻。朱慈悲手下的方靖已经牢牢控制了山东、苏北、安徽、河南、河北的会道门。并牢牢控制了漕运，组织了漕帮等外围组织，对运河的控制力超过了济宁总河衙门。
可是满清在江南的地位因为南京战役的失败而巩固了，顺治集团非常重视江南的控制，对江宁无锡松江驻以重兵，并任用前明降官开通海上漕运。
郑成功的海军已经败退到福建沿海，朱慈悲只有独立抗议整个清军水师。
早在距今7000年前的新石器时代晚期，中华民族的祖先已能就以原始的舟筏浮具和原始的导航知识开始海上航行，揭开了利用原始舟筏在海上航行的序幕。
这说明中国和地中海国家一样都是世界海洋文化的发祥地。夏、商、周时代，由于木板船与风帆的问世，人们已开始在近海沿岸航行到今日的朝鲜半岛、日本列岛和中南半岛。春秋战国时期，我国古代航海事业的形成时期，人们已累积了一些天文定向、地文定位、海洋气象等知识，初步形成了近海远航所需的技术和相关的知识，出现了较大规模的海上运输与海上战争。
到秦汉时代，海船逐步大型化以及掌握了驶风技术，出现了秦代徐福船队东渡日本和西汉海船远航印度洋的壮举。
在三国、两晋、南北朝时期，东吴船队巡航台湾和南洋，法显从印度航海归国，中国船队远航到了波斯湾。
唐朝建立后，经过贞观之治，中国社会经济繁荣，文化发达，在国力强盛和造船技术进步的基础上，中国与西亚、非洲沿岸国家间的海洋航运有了很大发展。
唐朝时由中国航海前往阿拉伯乃至非洲沿岸国家，已由过去的分段航行实现了全程直航，不再需要经印度洋沿岸国家换乘阿拉伯商船中转，而能直接抵达。
由于罗盘广泛地应用于航海，加上前人积累的牵星术、地文、潮流、季风等航海知识，以及造船技术的发展，特别是水密隔舱技术，使宋代后的航海家可以长年在海上远行。
宋代人开辟了横越印度洋的航线，尤有重要意义，宋代航海家从广州、泉州启航，横越北印度洋，直航至西亚和非洲东海岸。
元代中国海洋航运业的一个突出特点是海上漕运占有相当重要的位置。元朝建都于大都今北京，要解决京城地区及北方粮食紧缺问题，就必须从江南调运，其中海上漕运是主要途径之一。
在远洋航运方面，无论是航行规模，还是造船和航海技术方面，元代都超过了唐宋。元代较大的远洋船舶能承载千余人，有十余道风帆。阿拉伯的天文航海技术传入中国，也促进了中国航海技术的发展。
由于当时积极的航海贸易政策和以罗盘导航为标志的航海技术取得重大突破，中国领先西方进入定量航海时期。中国舟帆所及，几达西太平洋与北印度洋全部海岸，与亚非120多个国家和地区建立了航海贸易关系。
元代远洋航运的发展，促进了国内外贸港口的繁荣，尤其是泉州港，在元代经历了它历史上最辉煌的时期，不仅成为中国最重要的对外贸易港和东方第一大港，而且成为世界上最著名的海外贸易港。